Το αρχείο των Φ.Κ.Μ. περιλαμβάνει 207 έγγραφα με σημαντικές πληροφορίες για τη λειτουργία του ίδιου του Ιδρύματος, αλλά και για το ρόλο που διαδραμάτισε σε πολλαπλούς τομείς της αστικής ζωής στην περιοχή της Μυτιλήνης. Συνολικά, στο υλικό του αρχείου περιλαμβάνονται, καθολικά, ημερολόγια, λογαριασμοί εσόδων-εξόδων, βιβλία συμβολαίων, βιβλία πληρωμών και προσωρινών λογαριασμών, πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία διαχείρισης κτημάτων και ακίνητης περιουσίας, απολογισμοί και ισολογισμοί, μητρώα μαθητών, κ.ά.

Το αρχειακό υλικό το οποίο ψηφιοποιήθηκε και τεκμηριώθηκε από την Aegean Solutions Α.Ε.,  διατίθεται μέσω του διαδικτυακού τόπου των Φ.Κ.Μ. και παρουσιάζεται σε 5 σχετικές ενότητες, οι οποίες δημιουργήθηκαν με βάση το περιεχόμενο των εγγράφων του αρχείου.