Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Επιχειρησιακού Προγράμματος Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου (Διαχειριστική Αρχή) έχει συσταθεί με Απόφαση του Υπουργού Οικονομίας, Υποδομών, Ναυτιλίας & Τουρισμού και υπάγεται απευθείας στην Περιφερειάρχη Βορείου Αιγαίου (ΦΕΚ 791/Β/6.5.2015).

Αντικείμενο της Διαχειριστικής Αρχής είναι η διαχείριση, έλεγχος και παρακολούθηση δράσεων / έργων που υλοποιούνται στα διοικητικά όρια της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου στο πλαίσιο του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος «Βόρειο Αιγαίο 2014-2020» καθώς και δράσεων που της εκχωρήθηκαν με Υπουργικές Αποφάσεις στο πλαίσιο του Επιχειρησιακού Προγράμματος «Κρήτη και Νήσοι Αιγαίου 2007-2013» στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2007-2013.