Το Μουσείο Ναυτικής Παράδοσης και Σπογγαλιείας στη Νέα Κούταλη Λήμνου έχει ώς στοχο την ανάδειξη της ιστορίας των Κουταλιανών στην παλιά τους πατρίδα και η παρουσίαση της σπογγαλιείας, έτσι όπως την έζησαν και την εξάσκησαν οι Κουταλιανοί στη νέα τους πατρίδα τη Λήμνο. Οι στόχοι αυτοί υποστηρίζονται από τις τρεις θεματικές ενότητες της έκθεσης που αναπτύσσονται με τρόπο κατανοητό στο ευρύτερο κοινό. Οι ενότητες αυτές είναι: «Η Ζωή των Κουταλιανών πριν από τον ξεριζωμό τους», «Η Σπογγαλιεία στη Νέα Κούταλη στη Λήμνο» και «Η Αρχαιολογική Συλλογή».